いつもご愛読ありがとうございます。
ISO総合研究所の結石です。

結論から言うと、ISO9001の要求事項において
在庫の棚卸を実施することは明言されていません。

関連するとすればISO9001の要求事項に「7.5.5 製品の保存」に
下記記述があります。
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組織は，内部処理から指定納入先への引渡しまでの間，要求事項への適合を維持するように製品を保存
しなければならない。この保存には，該当する場合，識別，取扱い，包装，保管及び保護を含めなければ
ならない。保存は，製品を構成する要素にも適用しなければならない。
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製品等を保管するという意味では、どこの棚にどんな製品が入っているのか?
明確になっている必要はあります。
明確にするために、半年に1度、現物と在庫リストを照合するお客様もいれば
搬入・搬出はシステムを導入して、バーコード管理を導入しており、
どこの棚にどんな製品が入っているかがデータベースを見れば判るようになっていることもあります。

在庫の棚卸を実施して、ISO9001の仕組みとして適用するかどうかは
会社のポリシー・姿勢・取組意識の問題です。審査で避けて通りたいのなら外せばよいし、
実務を出来るだけ、ISO9001の仕組みに合わせるという意識で取り組むのであれば、
業務に必要なルールは適用しても良いと思います。